Binnen Natura 2000 staan daarom specifieke habitattypen centraal, zoals open duinen, duinvalleien, duindoornstruwelen en duinbossen. Veel vogelsoorten zijn nauw verbonden met bepaalde habitats.
Habitatgroepen delen vogelsoorten in op basis van het habitat waarmee zij het sterkst verbonden zijn. Hierdoor ontstaat een directe koppeling tussen vogelgegevens en de natuurdoelen van Natura 2000.
Voor Meijendel zijn verschillende habitatgroepen samengesteld die aansluiten bij de Natura 2000-habitats van het gebied. Daarmee kunnen veranderingen in de vogelstand worden vergeleken met veranderingen in vegetatie, landschap en beheer.